Головний бунтівник - Тадеуш Костюшко
Свій варіант із доставки Т. Костюшка до української столиці розробляв і начальник Таємної експедиції граф О. М. Самойлов. На випадок, якщо маршрут конвою пройде через Москву, він послав свого гінця до московського генерал-губернатора П. П. Долгорукого. У листі йшлося, щоб бранець "нітрохи не зупиняючись, проїхав через Москву вночі і віддалений від усіх, хто цікавиться".
У Петербурзі керівника польського повстання уклали до Комендантського будинку Петропавлівської фортеці, причому наказано було утримувати його особливому становищі. В'язню здавалося, що його помістили в глибоку криницю, куди не долітають ні шум життя, ні сонячний промінь. Хвора нога прикувала його до ліжка, і цілими днями він змушений був лежати на спині, бачачи перед собою тільки сірий стелю, колір якого лише до заходу сонця трохи теплішав. Перші дні ув'язнення Т. Костюшко вів внутрішню суперечку зі своїм минулим; як історик, аналізував найважливіші етапи повстання і кожен із новачків розглядав із двох сторін — як подія протікало насправді як і міг би відбуватися, якби вдалося провести ті радикальні реформи, що він вважав потрібними. Але на кого зі своїх генералів він міг покластися? Майже всі вони були зацікавлені у поразці повстання, адже перемога народу позбавила б їх шляхетських привілеїв.
Щоденні допити та душевні муки щодо поразки викликали у Т. Костюшка глибоку депресію. Він страждав від головного болю, безсоння та непритомності, відмовлявся від їжі. Далися взнаки і наслідки тяжких поранень… На допитах Т. Костюшко заперечував, що хотів запровадити в Польщі той порядок правління, який тоді існував у Франції, але визнав, що мав відомості про наміри революційної Франції субсидувати польське повстаннягрошима. Він відверто заявляв, що, якби Франція могла сприяти поверненню Польщі відібраних у неї областей та встановленню в країні форми правління, що відповідає бажанням польського народу, він особисто не перешкоджав би висновку польсько-французького трактату. Не приховував Т. Костюшка і те, що Польща уклала б союз і з Туреччиною, якби та оголосила війну України.
"Апологію" свого життя Т. Костюшко виклав у дуже лаконічній формі - французькою, великим і чітким почерком, з мінімальною кількістю згадуваних прізвищ. Згодом генерал-прокурор пропонував "головному бунтівникові" додаткові питання, але відповіді того були настільки ж короткими і майже не містили матеріалу, необхідного для обвинувачення інших вождів повстання.
Незабаром від Костюшка відступилися і навіть перестали вимагати від нього дотримання тюремного режиму. Катерина II, мабуть, не збиралася суворо карати колишніх підданих польського короля. Імператриці скоріше потрібно було дипломатично оформити третій поділ Польщі, і для зміцнення своєї позиції в переговорах з Пукраїнсією їй зовсім не завадили б добрі стосунки з бунтівними поляками, що опинилися в полоні. Тому охороні Т. Костюшка було наказано уважно стежити за його здоров'ям, сам генерал-прокурор неодноразово піклувався про надання медичної допомоги вождю повстанців. В'язню почали давати газети, дозволили мати книжки; крім різних сортів м'яса, дичини, риби, печива та солодощів, посилали анчоуси, прянощі, лимони, горілку, різні вина та багато чого іншого.
А сам в'язень в обстановці незвичної для себе розкоші дійшов до жахливого стану, його нічого не тішило, і він продовжував дивитися на світ очима хворої людини, зануреної в колодязь.
Після смерті імператриці долю керівників польськогоповстання відразу вирішив зійшов на престол Павло I. Він особисто відвідав Т. Костюшко в Мармуровому палаці, висловив жаль з приводу його долі і оголосив, що за перенесені страждання шанує йому тисячу кріпаків. Але керівник польських повстанців відмовився від такого подарунка… Яке з його поглядами бути власником людей!
Багато легенд пов'язане з цим побаченням, але достовірно відомо, що Костюшко зумів домогтися помилування і для 12 000 поляків, що нудилися в Сибіру. Щоправда, за це від нього вимагали присяги у вірнопідданстві, але він попросив час для обмірковування пропозиції. Т. Костюшко ще не знав, що Австрія, Україна та Пукраїнсія вже здійснили третій поділ Польщі, і його батьківщина перестала існувати як самостійна держава. Не знав він і того, що за трактатом про третій розділ полякам надано вільний вибір підданства, тож потреби у його "вірнопідданській присязі" не було. Нічого цього Т. Костюшко не знав і тому дуже мучився: як це він, керівник повстання за волю Польщі, відмовиться від своєї країни, свого минулого та присягне на вірність українському імператору. А з іншого боку — хіба має він моральне право жертвувати життям 12 000 чоловік, аби зберегти свою честь чистою? Однак від його присяги залежала доля всіх полонених поляків, для себе ж він виклопотав лише одне: щоб замість кріпаків йому дали їхню казенну вартість. Зовсім відмовлятися від подарунків було неможливо, тим більше, що Павло I дозволив йому від'їзд до Америки.
Т. Костюшко з'явився в Зимовий палац особисто дякувати государеві. Внизу колишнього в'язня чекало крісло на коліщатках, у якому возили Катерину II. Через анфіладу кімнат його провезли до спальні, де імператор прийняв його з усією своєю родиною — без жодних церемоній.Імператриця подарувала Т. Костюшку дорогий токарний верстат та камеї із портретами всіх членів родини. Він віддячив їй табакеркою власної роботи.
Фізичний і моральний стан в'язня, що отримав свободу, проте був настільки важким, що він вирішив докорінно змінити обстановку і виїхати в Америку. український імператор подарував Т. Костюшку чудову карету, в якій можна було їхати напівлежачи, соболю шубу, шапку та багато інших речей.