СПЕЦИФІЧНЕ РОЗЩЕПЛЕННЯ ДНК УЛЬТРАЗВУКОМ - Студопедія

Щоб з'ясувати, чи впливає відносну частоту розщеплення як тип динуклеотида (факторA), а й який внесок у загальну мінливість відносної частоти розщеплення обумовлений послідовністю аналізованого ділянки рестриктного фрагмента ДНК (факторB), використовуватимемо двофакторний дисперсійний аналіз. рівні фактораAє постійними, а рівні фактораbприродно розглядати як випадкові. І тут для аналізу результатів експерименту використовується змішана двухфакторная модель. Як план експерименту розглянемодвофакторний план з угрупуванням (nested design) для змішаної моделі.Це план, для якого рівні одного фактораAгрупуються за рівнями іншого фактораB> При цьому кожен рівень факторагрупується не більше ніж з одним рівнем фактораA, і факторBназивається згрупованим факторомA, B(A). Такий план дозволяє оцінити і помилки спостереження, і внесок випадкового фактораB(A) у загальну мінливість відносної частоти розщеплення, та вплив постійного фактораAна відносну частоту розщеплення .

Для побудови такого плану для кожного типу динуклеотиду (постійний факторAзIрівнями) випадково вибиралися «свої»Jфрагментів ДНК (випадковий факторBзJрівнями). У кожногоJфрагментів для типу динуклеотиду NN визначали значення частоти розщеплення цього динуклеотиду NN. І тут кожен рівень чинникаBпоєднувався лише з одним рівнем чинникаA.

Змішана модель для двофакторного плану з угрупуванням має вигляд

деμ– загальне середнє,αi– ефектi-огорівняпостійного фактораA,bj(i)– ефектj-ого рівня випадкового фактораB,B(A), згрупованогоi-им рівнем фактораA; - Невідомі параметри;εijk– помилки спостережень;bj(i)іεijk– незалежні в сукупності випадкові величини з нульовим середнім та дисперсіями і відповідно. Дисперсія спостереженняyijkдорівнюватиме . Компонента дисперсії обумовлена вкладом випадкового фактораB(A), згрупованого факторомA, у загальну мінливість залежної змінної.

Було розглянуто п'ять моделей такого типу, та побудовано п'ять планів із угрупуванням для кожної з них:

1. Для аналізу частоти розщеплення кожного із 16 динуклеотидів ДНК, NN;I=16;J=8.

2. Для аналізу частоти розщеплення кожного з динуклеотидів ДНК, AN;I=4;J=19.

3. Для аналізу частоти розщеплення кожного з динуклеотидів ДНК, СN;I=4;J=19.

4. Для аналізу частоти розщеплення кожного з динуклеотидів ДНК, GN;I=4;J=23.

5. Для аналізу частоти розщеплення кожного з динуклеотидів ДНК, TN;I=4;J=19.

Статистичні завдання дисперсійного аналізу для аналізованої моделі полягають у тому, щоб знайти оцінки невідомих параметрів та перевірити статистичні гіпотези. Для такої моделі перевіряються дві гіпотези:

1.H0: всеαi=0,i=1.I, що означає факторAне впливає, при альтернативі, що, принаймні,αk≠0, що означає факторAвпливає.

2.H0: =0 про те, що факторB(A) не робить ніякого вкладу в дисперсію спостережень, при альтернативіH1 : ≠0.

Слід зазначити, що це побудовані плани є планами з нерівним числом спостережень за різних комбінаціях рівнів чинниківAіB(A). Тому при визначенні значень числа ступенів свободи,ν*, які в таблицях не наводяться, оцінок компонент дисперсії, значеньMS, і, отже, спостерігається значення статистики критерію,F-відносини, використовувався метод Саттервейту. У табл. 7 наведено значення оцінок компонент дисперсії та оцінка частки дисперсії спостереження, яка обумовлена факторомB(A) для кожної з п'яти моделей, що розглядаються. Оцінка дисперсії одиничного спостереження, визначалася як сума оцінок компонент дисперсії і .

Таблиця 2. Результати дисперсійного аналізу

для динуклотидів NN.

Джерело розкиду	Число ступенів свободиν	Середній квадратMS	F-відношення	p- Значення
факторA	2,41	24,82	0,00
факторB(A)	0,09	2,21	0,00
Залишок	0,04

Аналіз табл. 2 показує, що вплив типу динуклеотиду NN і первинної структури фрагмента ДНК на відносну частоту ультразвукового розщеплення статистично значуще на рівніα=0,05

Таблиця 7. Значення оцінок компонентів дисперсії. Позначення: / - Оцінка частки загальної дисперсії, обумовленої факторомB(A); / - Оцінка частки дисперсії помилки спостереження.

Модель				/ * 100%	/ * 100%
0,0038	0,0357	0.0395	9,6%	90,4
0,0034	0,0256	0,0290	11,7%	88,3
0,0096	0,0976	0,1072	9,8%	90,2
0,0050	0,0379	0,0429	11,6%	88,4
0,0011	0,0208	0,0219	5,0%	95,0

Статистичний аналіз експериментальних даних розщеплення ДНК ультразвуком виявив вплив на відносну частоту розщеплення двох факторів, типу динуклеотиду та нуклеотидної послідовності фрагмента ДНК, та дозволив оцінити частку дисперсії спостереження, яка обумовлена випадковим фактором – нуклеотидною послідовністю фрагмента ДНК. Результати аналізу показали, що внесок випадкового фактора в загальну мінливість відносної частоти розщеплення набагато менше, ніж внесок фактора – тип динуклеотиду.

Чи не знайшли те, що шукали? Скористайтеся пошуком:

Вимкніть adBlock! і оновіть сторінку (F5)дуже потрібно