Фінгерпринт ДНК - Довідник хіміка 21
Хімія та хімічна технологія
Фінгерпринт ДНК
Загальновизнано, що спектрофотометрія в інфрачервоній області спектра є найкращим методом ідентифікації внаслідок унікальності чітко вираженої фінгерпринтної області спектра для даної лікарської речовини.[c.12]
Для разделения пуриновых и пиримидиновых оснований, нуклеозидов и нуклеотидов в лабораторной практике используют все виды хроматографии хроматографию на бумаге (включая электрофорез на бумаге и фингерпринт ), тонкослойную хроматографию [16], все типы колоночной хроматографии (адсорбционную, распределительную, ионообменную и гель-проникающую) . Вважають, що при розподілі методом тонкошарової хроматографії оптимальна кількість нуклеотидів становить 0,2-30 мкг методом хроматографії на папері 10-200 мг методом електрофорезу на папері 100-500 мкг. На колонці можна ділити нуклеотиди у кількості від 50 мкг до кількох сотень міліграмів. Звичайно, в окремих випадках аналітичного чи препаративного поділу ці рамки можна суттєво розсунути.[c.37]
Пептидна карта (фінгерпринт). Характерне для цього білка двовимірне розташування пептидів, що утворюються при його частковому гідролізі.[c.1016]
Великий інтерес представляє тонкошарова модифікація [40] паперового фінгерпринту по Інграму, що дозволяє в десять і більше разів скоротити час отримання пептидних карт (фінгер-принтів) і суттєво зменшити кількість триптичного гідролізату, що аналізується. Крім того, для виконання цього[c.317]
Швидшим методом поділу пептидів ензиматичного гідролізату є метод пептидних карт (відбитка пальців, або фінгерпринту), що поєднує високовольтний електрофорез і хроматографію напаперу. За допомогою цього методу можливе зіставлення пептидних сумішей, одержуваних при розщепленні різних білків, і виявлення таких малих відмінностей в амінокислотному складі окремих пептидів, як заміщення одиничної амінокислоти будь-якої іншої. Такі відмінності мають велике значення при порівняльному вивченні гомологічних білків різних видів рослин і тварин, а також визначення генетичних змін у структурі білка, що виникають в результаті точкової мутації.[c.81]
Однак необхідно відзначити, що фракції, що елююються з сефадекса, як правило, не є гомогенними і містять кілька пептидів (до 10 і більше). Тому цей метод поділу необхідно поєднувати з такими прийомами фракціонування, як фінгерпринт та іонообмінна хроматографія.[c.83]
Аналогічні фінгерпринт олігонуклеотидних сумішей можна отримати в тонкому шарі целюлози. Описано два типи таких поділів тонкошаровий електрофорез з по-[c.55]
Більшість робіт останнього часу проводили з радіоактивними РНК, що дозволило встановлювати структуру на менших кількостях речовини. Поряд з методами фінгерпринту для швидкої ідентифікації та з'ясування структури олігонуклеотидів такий підхід є найбільш перспективним для майбутніх досліджень у цій галузі.[c.78]
Окремі плями елююють, і в тих випадках, коли не потрібно додаткового очищення, олігонуклеотиди ідентифікують і визначають молярну концентрацію їхньої радіоактивності щодо сумарної радіоактивності. Типові фінгерпринт, отримані для РНК вірусу-сателіту вірусу некрозу тютюну шляхом гідролізу панкреатичної іТ-РНК-азами, показані на рис. 11.1 та 11.2. Збіг картин, отриманих у різних лабораторіях, підтверджує, що дляідентифікації мономерів, димерів і тримерів достатньо знати їхнє положення на фінгерпринті.[c.265]
Молекулярна маса та ізоелектрична точка - характерні параметри білка. Однак в основі точної ідентифікації молекули білкової лежить визначення амінокислотної послідовності. Вже першому етапі цього процесу, що включає розщеплення білка на дрібні фрагменти, можна отримати значну інформацію про даному білку. В даний час у продажу є протеолітичні ферменти та хімічні реактиви, що розщеплюють білки за певними амінокислотними залишками (табл. 4-10). Так, фермент трипсин відщеплює залишки лізину та аргініну з боку карбоксильних груп хімічний реактив бромистий ціан розщеплює пептидні зв'язки, розташовані після залишків метіоніну. Оскільки такі специфічні ферменти та реактиви розщеплюють у білковій молекулі обмежену кількість зв'язків, при їх дії утворюється суміш хворих пептидів. Розділивши цю суміш методом електрофорезу або хроматографії, можна отримати пептидну карту, що характеризує білок, що досліджується. Такі пептидні карти іноді називають фінгерпринтами (відбитками пальців) білка (рис. 4-53).[c.219]
Існує три етапи у цьому класичному методі аналізу послідовності. Спочатку РНК розщеплюють іа фрагменти помірної довжини (приблизно 50 пар основ) частковим гідролізом РНазою. Потім аналізують загальний склад підстав цих дискретних фрагментів з подальшим розщепленням до маленьких блоків, для яких можна безпосередньо встановити послідовність підстав. І нарешті, великі за розміром фрагменти мають у своєму розпорядженні в потрібному порядку, використовуючи часткове перекривання послідовностей. Такі часткові перекриття виникають у результаті різних способіврозщеплення, одержуваних при дії панкреатичної РНази (специфічної до піримідинів) та такадіастази Т] (специфічної до гуанозину). Складне поділ великої кількості фрагментів, одержуваних в результаті часткового розщеплення нуклеазами, вдається найкращим чином здійснити при використанні двовимірного поділу ( фінгерпринт ), поєднуючи іонофорез на ацетаті целюлози при pH 3,5 в одному напрямку і іонофорез- на ДЕАЕ-целюлоз [30]. У всіх випадках фрагменти детектують без деструкції з використанням мічених Р-нуклеотидів.[c.193]
Після того як встановлена первинна структура будь-якого білка, зазвичай немає необхідності проводити повне вивчення амінокислотної послідовності у гомологічних білків з близьких (відповідних) джерел. Швидку відповідь можна отримати, використовуючи техніку трипсинового фінгерпринту. Для цього гідролізу піддають трипсином білок з відомою структурою і паралельно йому гомологічний білок отримані в результаті гідролізу пептиди розділяють зазвичай за допомогою двовимірного електрофорезу або хроматографії. Якщо різниця в послідовностях невелика, то хвороба пептидів повинна займати ідентичне положення на двовимірному фінгерпринті. Ті небагато пептидів, які відрізняються за рухливістю, необхідно елюювати і піддати амінокислотного аналізу за Едманом. Ця техніка особливо корисна щодо аномальних гемоглобінів, які від нормального природою лише однієї ділянки.[c.276]
У згаданому діапазоні фінгерпринта розташовані смуги, що відповідають різним деформаційним коливанням. У цьому діапазоні є не тільки смуги поглинання, характерні для з'єднання, що вивчається в цілому, але і смуги, типові для деяких угруповань. Так, картинарозподілу смуг поглинання в діапазоні 1000-750 см Г допомагає з'ясувати положення заступників у подвійного зв'язку або в ароматичному кільці.[c.45]
Були проведені широкі систематичні дослідження складу флавоноїдів у вищих рослин різних видів та сортів. Для отримання фінгерпринтів, що дозволяють швидко визначати склад флавоноїдів того чи іншого виду рослини, використовували двовимірну хроматографію на папері. Було показано, що склад флавоноїдів є надзвичайно важливою таксономічною ознакою як при встановленні спорідненості між видами, що належать до одного сімейства, так і при виявленні різниці між близькими спорідненими видами. У цьому плані може бути дуже характерним присутність флавоноїдів тих чи інших класів і розподіл заступників в індивідуальних сполук.[c.137]
Більшість смуг поглинання в ІЧ-спектрах органічних сполук, як правило, не розшифровуються за табличними даними характеристичних частот. Це в першу чергу стосується області нижче 1400 см", особливо багатої піками і перегжбаш, яку часто називають областю "відбитка пальців" або "фінгерпринту". мають майже завжди різні частоти коливання. Також важко підкоряються точному обліку різні обертонні і складові частоти, які можуть проявитися в різних місцях.[c.264]
На колонці зі смолою Дауекс 50X2 вдавалося розділити на окремі піки всі пептиди, що визначаються фінгерпринтом, за Інграм. Ця колонка виявилася досить селективною, розділяючи ізомерні пептиди вал-тре-лей і тре-ва.п-лей, ала-глі та гли-ала, гли-глу і глу-глі.[c.172]
У більшості випадків фрагменти, виділеніSTHNi методом виявлялися гомогенними сегментами вихідної молекули, що містять один або більше залишків специфічних олігонуклеотидів. Олігонуклеотидний склад кожного фрагмента встановлювали в результаті повного гідролізу Т1 - або панкреатичної РНК-азами та подальшого електрофоретичного фракціонування процуктів гідролізу. Щоб ідентифікувати олігонуклеотиди, що утворилися, отриманий фінгерпринт порівнювали з фінгерприн-том всієї 5S РНК. У сумнівних випадках ідентифікацію олігонуклеотиду підтверджували лужним гідролізом.[c.91]
Можливості його застосування лімітуються збільшенням числа різних олігонуклеотидів і ускладненням фінгерпринтів.[c.97]
Sander, 1970) може створити основу для швидкого та ефективного методу з'ясування структури довших олігонуклеотидів. Спочатку встановлюється структура найкоротшого із продуктів гідролізу (див. рис. 7.8 та 7.9). Наступний по довжині олігомер містить першу послідовність і додатковий сегмент аж до другого Gp, який можна ідентифікувати на фінгерпринт після вичерпного Т-РНК-азного гідролізу продуктів, що відповідають другому піку. Подібним чином з даних третього піку можна отримати наступну ділянку ланцюга, і т. д.[c.147]
Фінгерпринти, отримані після гідролізу гемоглобінової мРНК різними нуклеазами, повинні відрізнятися від фінгерпринтів, отриманих із відомого зразка рРНК ретикулоцитів.[c.255]
Інгрем (Ingram) отримав перші пептидні карти (фінгерпринти - відбитки пальців), показавши у своїй, що відмінності[c.218]
Дивитись сторінки дезгадується термінФінгерпринти ДНК :[c.526] [c.39] [c.53] [c.59] [c.318] [c.39] [c.53] [ c.318] [c.56] [c.88] [c.159] [c.173] [c.217] [c.256] [c.264] [c.267] [c.268] c.275] [c.277] [c.283] [c.159] Штучні генетичні системи Т.1 (2004) - [c.238]