Оборонні війська та Кайтселійт
Найбезпосереднішу участь у підготовці військової держоборони беруть Оборонні війська та Кайтселійт.
У мирний час Оборонні війська повинні охороняти територію Естонії та здійснювати нагляд та контроль за повітряним простором, забезпечувати необхідну оборонну готовність та здійснювати військове навчання солдатів строкової служби для комплектування резервних одиниць, а також брати участь у міжнародних операціях та допомагати цивільним силам у ліквідації наслідків катастроф, викликаних стихійними лихами чи людською діяльністю.
В умовах кризи або війни до завдань оборонних військ входять військова оборона держави, забезпечення умов, необхідних для прибуття союзних сил і надання допомоги державі, яка їх приймає.
Оборонні війська складаються з трьох типів військ: сухопутних військ, військово-морських та військово-повітряних сил. Крім них до складу оборонних військ входять підрозділи центрального підпорядкування Об'єднаний навчальний заклад Сил оборони, Центр логістики, Батальйон штабу та зв'язку та Військова поліція. Оборонні війська є комбінацією одиниць, що складаються з резервної армії та професійних солдатів. Професійні військові гарантують державі можливості швидкого реагування та участі у міжнародних операціях, а резервні частини – наявність необхідної військової сили у ситуації війни чи кризи. Для виконання своїх завдань оборонні війська розділені на адміністративно-навчальну та оперативну структури. Адміністративно-навчальна структура призначена для розвитку оперативної структури та забезпечення спільної діяльності сил оборони. Оперативна структура передбачена для підготовки та при необхідності та проведення військового захисту. У мирний час більшість одиниць, що входять в оперативнуструктуру перебувають у резерві. Чисельність оперативної структури становить 16 000 осіб, яку можна збільшити за рахунок більш ніж на 30 000 кваліфікованих військовослужбовців оборонних військ, що перебувають у додатковому резерві. У мирний час кількість військовослужбовців в оборонних військах становить приблизно 5500 осіб, з яких військовослужбовці строкової служби становлять приблизно 2000 осіб.
Сухопутні військаСухопутні війська - основний вид оборонних військ Естонії (ОВЕ), що складається зі штабу, чотирьох оборонних округів і 1-ї піхотної бригади. До складу 1-ї піхотної бригади також входить єдиний батальйон оборонних військ, що складається з професійних солдатів - скаутський батальйон. Основним завданням сухопутних військ у мирний час є проведення навчання, і в період війни чи кризи – підготовка до необхідних дій та участь у зовнішніх операціях. У обстановці ведення військових дій завдання сухопутних військ входять оборонні дії самостійно, або у співпраці з союзними військами. Оборонний округ є військовим підрозділом із призначеною вже у мирний час територіальною відповідальністю. Так, сферою відповідальності Північного оборонного округу є Таллінн, Харьюський та Рапласький повіти, Північно-східного ГО – Іда-Вірусський, Ляене-Вірусський та Ярваський повіти, Південного ГО – Вируський, Пилваський, Валгаський, Тартуський, Йигеваський та Вільяндіський повіти. Західного ГО входять Пярнуський, Ляенський та Сааресський повіти. До складу оборонного округу входять і розташовані в їх у сфері відповідальності центри навчання сухопутних військ у мирний час. Так до складу Північного оборонного округу входить Караульний батальйон (ест. Vahipataljon), до складу Південного ГО – Купер'янівський піхотний батальйон (ест. Kuperjanovijalaväepataljon) та Північно-східного ГО Вірусський піхотний батальйон (ест. Viru jalaväepataljon), Артилерійський батальйон (ест. Suurtükiväepataljon), батальйон ППО (ест. Õhutõrjepataljon), та Інженерний батальйон (ест. Крім цього до складу кожного ГО входить і тиловий штабний центр, що забезпечує їх діяльність. Оборонні округи відіграють провідну роль у проведенні навчання військовослужбовців строкової служби, підготовці резервістів та проведенні повторних навчань резервних одиниць. Піхотна бригада та оборонний округ є за своєю величиною рівними одиницями. Основною відмінністю є те, що бригада у мирний час не має певної сфери відповідальності і, виходячи зі своєї структури та озброєння, може бути швидше ререформована на всій території. Бригада є найбільшою тактичною одиницею оборонних військ Естонії.
Військово-морські силиВійськово-морські сили складаються зі штабу, військово-морської бази та дивізіону мінних тральщиків. Внаслідок обмежених ресурсів у військово-морських силах розвинена лише протимінна здатність, в інших аспектах морських воєн сили спираються на можливості НАТО. У мирний час одним із найважливіших завдань військово-морських сил, окрім демонстрації суверенітету, є очищення територіального моря від мін, що залишилися з часів Першої та Другої світової війни. Протягом останніх десяти років військово-морські сили виявили та знешкодили понад п'ятсот морських мін.
Військово-повітряні силиВійськово-повітряні сили складаються зі штабу, льотної бази та дивізіону повітряного контролю. Найважливішим завданням є розвиток необхідної здатності повітряного контролю та державної підтримки. На цей час вироблена необхідна здатність повітряного моніторингу, інтегрована у загальнупротиповітряну оборону НАТО. Безпека повітряного простору Естонії реально забезпечує з 2004 року винищувачі країн-членів НАТО. Для цього НАТО запущено повітряні операції, спеціально розроблені для проведення в повітряному просторі країн Балтії, в яких на графіку беруть участь винищувачі інших країн-членів НАТО та підтримуючий персонал. Повітряні операції здійснюються з повітряної бази, розташованої в місті Шяуляї в Литві.
<Резервна армія і термінова службаГоловна бойова сила оборонних військ Естонії заснована на резервних силах, що мобілізуються. У мирний час оборонні війська щодо невеликі, призначені вони, передусім навчання резервних військ, збереження необхідної здатності швидкого реагування і готовності до мобілізації, і навіть до виконання міжнародних обов'язків Естонії. Підготовка необхідних резервних підрозділів забезпечується у вигляді термінової служби. Конституція встановлює обов'язок брати участь у обороні держави всім громадян. Для громадян чоловічої статі однією з головних форм участі у державній обороні є термінова служба та подальша служба у резерві оборонних військ. Обов'язок проходити термінову службу поширюється усім громадян Естонії чоловічої статі віком 18-28 років. Згідно із законом, термінова служба триває 8-11 місяців. Більш тривалий термін служби передбачений для солдатів, з яких готують унтер-офіцерів або офіцерів запасу, а також для фахівців у певних сферах (зв'язок-ІТ, військова поліція, водії) та військових моряків. Під час термінової служби солдати набувають базових навичок і тренуються діяти спільно у складі підрозділів та одиниць. Кульмінацією навчання солдатів є комплексне вчення «Весняний шторм»,що проходить щовесни, де перевіряється вміння діяти у складі підрозділу. За терміновою службою слідує служба в запасі, яка може тривати до досягнення солдатами запасу 60-річного віку. Протягом цього часу можливим є заклик на навчальні збори. За весь час перебування у резерві солдата можуть призвати на навчальні збори на загальний термін до шести місяців, унтер-офіцера до дев'яти місяців, офіцера до дванадцяти місяців. Як правило, військові запаси входять до складу того ж підрозділу, де вони навчалися під час термінової служби.
КайтселійтКайтселійт – добровільна збройна організація, створена за військовим зразком, яка об'єднує людей, які добровільно роблять свій внесок у державну оборону. Кайтселійт налічує 12 000 членів. Разом із спецорганізаціями Кайтселійта Найскодукайтсе, Нооред Коткад та Кодутютред у родині Кайтселійта діють понад 19000 добровольців. Кайтселійт складається з 15 повітових організацій-дружин. У питаннях підготовки військової державної оборони держави Кайтселійт підпорядковується командувачу оборонних військ Естонії та діяльність організації фінансується з бюджету міністерства оборони.