Система управління у Московській державі
Остаточне оформлення наказів як установ відбулося наприкінці XVI ст., коли кожного з них було встановлено певний штат і бюджет. До цього ж часу відноситься і будівництво вже згадуваного будинку наказів, покликаного вселяти повагу прохачам, що приходять. Спочатку штати наказів були невеликі. Крім судді та дяка у наказі працювали подьячіе, були також пристави та сторожа, а в деяких наказах (Посольському та Казанського палацу) — перекладачі та толмачі (останні перекладали усне мовлення). Переважали невеликі установи з п'ятьма-шістьма подьячими. Найбільші накази — Розрядний і Помісний — мали до десятка подьячих.
Особливістю наказів XVI ст. була велика роль, яку грали в їх діяльності дяки, особливо думні (тобто брали участь у засіданнях Боярської думи). Дяки на той час, найчастіше вихідці з дворянської середовища, були великими державними діячами. Серед них виділялися дяки Посольського наказу — Іван Михайлович Вісковатий та брати Щелкалови. Нерідко накази називалися за іменами дяків, які їх очолювали. Наприклад, Новгородська чверть, що входила до складу Посольського наказу, називалася Наказом думного дяка Василя Яковича Щелкалова. Наказні дяки більшою мірою підкорялися цареві, ніж Боярській думі, і були вірними царськими слугами. Однак це не завадило Грозному під час однієї з розправ по-звірячому стратити на Поганій калюжі (сучасних Чистих Ставках) майже всю дяцьку верхівку наказів, звинувативши її в державній зраді.