Assassin Creed II, сюжет
Гра триває невдовзі після подій Assassin's Creed, де, в 2012 році, Дезмонду Майлсу — бранцю «Абстерго Індастриз», якого використовують для дешифрування його генетичної пам'яті про його предка-ассасина Альтаїра в машині «Анімус», — загрожує смертельна небезпека. «Абстерго», сучасний еквівалент лицарів-тамплієрів, використовували Дезмонда, щоб визначити місцезнаходження потужного артефакту, що називається «Частиною Едему», або «Яблуком». Використовуючи Орлиний зір, отриманий в результаті «ефекту просочування» (через часте знаходження в «Анімусі»), Дезмонд бачить повідомлення та символи, написані кров'ю на стіні його спальні попереднім піддослідним, що називається «Об'єкт 16». Люсі Стілман, співробітник Абстерго і член братства сучасних ассасинів, звільняє Дезмонда і ховає його в секретному укритті з двома іншими ассасинами, Шоном Гастінгсом і Ребеккою Крейн, які створили покращену версію «Анімусу». Вони пропонують Дезмонду використовувати генетичну пам'ять про його предка, Еціо Аудитор да Фіренце, з двома цілями: тренувати Дезмонда в мистецтві ассасина за допомогою ефекту просочування і знайти інші Частинки Едему.
Після занурення в "Анімус" дія гри починає розгортатися в Італії, в Епоху Відродження, кінець XV століття. Головним героєм гри стає сімнадцятирічний юнак на ім'я Еціо. Батька Еціо, Джованні Аудиторе, зрадив його найкращий друг Уберто Альберті, і в результаті звинувачення батько і брати Еціо були повішені. Для Еціо втрата сім'ї була сильною душевною травмою. Він вбиває зрадника своєї сім'ї і ховається разом із матір'ю та сестрою у свого дядька Маріо на віллі Аудиторі в Монтеріджоні.
Пізніше Еціо дізнається, що його сім'ю зрадила родина Пацци, і він вирішує поквитатися з нею. Спершу він вбиває молодшого з цієї родини, ВієріПацці, потім його батька, Франческо Пацці, а потім старшого із сім'ї зрадників - Якопо Пацці - та його помічників.
Зі зборів тамплієрів, в яких безпосередньо брав участь Якопо, Еціо дізнається, що наступні дії тамплієрів будуть у Венеції.
Дія переривається і переноситься нині. Під час інтермедії Люсі перевіряє навички Дезмонда. Уві сні у Дезмонда виникають галюцинації, і він бачить події з життя Альтаїра, головного героя попередньої частини. Наступного дня Дезмонд знову занурюється у спогади Еціо.
Припливши до «міста на воді», він співпрацює з місцевою гільдією злодіїв. Він вбиває двох змовників - Еміліо Барбаріго та Карло Гріммальді. Потім Еціо вбиває Марко Барбаріго, який зайняв місце колишнього дожа, пізніше Еціо вбив Сільвіо Барбаріго і охоронця Марко Данте Моро, але упускає корабель, на якому ті збиралися виїхати. Через два роки він дізнається, що скоро повертається корабель тамплієрів із острова Кіпр, і на ньому, ймовірно, буде одна з частинок Едему. Ідучи за кур'єром, Еціо віч-на-віч стикається з Родріго Борджіа, який переконаний, що він якийсь пророк. Борджіа вдається втекти, натомість Еціо дізнається, що люди, які допомагали йому на всьому шляху - ассасини. Після знаходження частки Едему — яблука Едему — Еціо вирушає до Романью, де допомагає Нікколо Макіавеллі та Катерині Сфорца захистити їхнє місто — Форлі. Однак таємниче яблуко було вкрадено, і пошуки наводять нашого героя назад у Флоренцію. Скориставшись яблуком, колишній чернець Джироламо Савонарола захоплює владу у Флоренції. Еціо підриває його плани, вбиваючи дев'ятьох помічників Савонароли по всьому місту. Розгніваний народ збирається живцем спалити «просвітителя», але Еціо вбиває його прямо на багатті.