Історія Half-Life
G-Man будить Гордона зі стази через 20 років після інциденту в Чорній Мезі. Фрімен прокидається в пасажирському поїзді, прибуваючи до Сіті 17. Громадянин, який їхав з ним, каже, що не помітив, як Гордон сідав у поїзд. На вокзалі Гордон збирається сісти на потяг до Нового Проспекту, проте співробітники цивільної оборони - "поліцейські" Альянсу, змушують його пройти в кімнату для допитів. Офіцер, який мав допитувати Фрімена, несподівано знімає маску, і Гордон дізнається у ньому старого друга Барні Калхауна, колишнього співробітника охорони Чорної Мези. Виявляється, що Барні впровадився до лав цивільної оборони, працюючи під прикриттям на опір. Він відправляє Гордона до підпільної лабораторії доктора Кляйнера, колишнього вченого, нині також учасника опору. Просуваючись містом, Гордон спостерігає сцену масових арештів у житловому будинку; дві людини на вулиці зауважують: «Ось так завжди… спочатку будівля, потім весь квартал». Детектори Альянсу фіксують «відхилення чисельності» людей у будівлі, і поліцейські починають переслідувати Гордона. У результаті, наздогнавши його, вони приголомшують Гордона електродубінками, що паралізують, але його рятує Алікс Венс - дочка колишнього колеги Фрімена, Ілая Венса. Алікс проводить Гордона до лабораторії доктора Кляйнера, прихованої у підсобних приміщеннях поряд із міською підстанцією.
У лабораторії Гордон одягає новий удосконалений енергокостюм п'ятої моделі (H.E.V. 5). Кляйнер вирішує, що Гордона краще відправити до Східної Чорної Мези, бази повстанців за містом, на території старої ГЕС, за допомогою сконструйованого ним телепорту. Але через пошкодження телепорту ручним вихованцем Кляйнера процес телепортації проходить невдало. Спершу Гордон потрапляє до Ілаю вСхідну Чорну Мезу, після цього - назад до лабораторії Кляйнера, потім до Бріна в Цитадель і в результаті телепортує за вікном лабораторії Кляйнера. Гордон вирушає до Східної Чорної Мези пішки. Незабаром його зустрічає Барні та дає Фріменові монтування. Він каже, що не може піти з ним, бо йому треба доглянути Кляйнера.
Пробираючись через міські канали, переслідуваний солдатами Альянсу, Гордон знаходить бази опору, населені біженцями, повстанцями та вортигонтами, розумними прибульцями із Зена, що стали після семигодинної війни союзниками опору. Вибравшись на околицю міста, Фрімен знаходить табір повстанців, де йому дають повітряний катер, що дозволяє перетнути радіоактивні канали.
Повітряний катер Гордона помічають патрулі Альянсу та посилають у погоню бойовий гелікоптер. Коли Фрімен прибуває на проміжну базу опору, вортигонт-механік монтує на катер Гордона імпульсний кулемет, завдяки якому Фрімен позбавляється гелікоптера, втрачається з виду спецслужб Альянсу і благополучно дістається бази.
Гордон прибуває на базу. Його зустрічає помічниця Ілая – Джудіт Моссман. Вона проводжає Фрімена вниз до Ілаю. Потім Алікс вручає йому граві-гармату та показує, як їй користуватися. Гордон грає розряджену військову кульову електроміну з роботом Алікс - Псом, оснащеним аналогічним маніпулятором. Раптом база зазнає масованої атаки сил Альянсу, і Гордон з Алікс доводиться повернутися всередину. Стеля, що обвалилася в результаті атаки, відрізає Гордону шлях назад, і йому доводиться йти через підземний тунель, що веде в покинуте шахтарське містечко Рейвенхольм. Ілая Венса заарештовують і відправляють до колишньої в'язниці суворого режиму, а нині військову базу та лабораторіюНова Проспект.
Гордон незабаром розуміє, чому Рейвенхольм покинутий: він заповнений паразитами-хедкрабами (маленькими істотами зі світу Зен, які перетворюють людей на зомбі, підкоряючи їхній розум) та зомбованими людьми. Єдина зустрічна людина, яка живе в Рейвенхольмі, - божевільний священик Отець Григорій. Він допомагає Фрімену вижити в моторошному місті, постачає його дробовиком і призводить до покинутої шахти, що веде до доки на узбережжі біля Сіті 17. Раніше це шахтарське містечко, що було однією з баз опору, було піддане масованому обстрілу крабснарядами. Додаткова мета даного обстрілу полягала у тому, щоб скоротити чисельність опору.
Гордон знаходить основу опору, атаковану солдатами Альянсу. Після відбиття атаки з Гордоном по телемосту зв'язується Алікс і повідомляє, що Ілай захоплений і знаходиться в Нова Проспект, в'язниці суворого режиму, просячи Гордона звільнити його: «Раніше це була в'язниця суворого режиму, а зараз дещо гірше. Зустрінемось біля вантажного поїзда…». Повстанці надають Гордону саморобний автомобіль-баггі, на якому він берегом прямує до в'язниці. На полювання за Гордоном відправляють елітний «Надлюдський» підрозділ Збройних Сил Альянсу. Пересуваючись узбережжям, Гордону доводиться прориватися через численні блокпости та засідки та допомагати іншим повстанцям відбивати напади ворога. Положення Гордона ускладнює ще й та обставина, що почався сезон розмноження у комах із Зена, що живуть на узбережжі, - мурашиних левів, і в цей момент вони особливо агресивні.
Гордон прибуває до «Точки Маяка», наступної бази опору, і допомагає повстанцям відбитися від перших хвиль атаки сил Альянсу, але потім змушенийпродовжити свою подорож пішки. Таємна стежка виводить Фрімена до піщаного пляжу, під яким ховаються полчища мурашиних левів. Щоб не розбудити їх, Гордон доводиться пробиратися по скелях і використовувати різні пристосування. Наприкінці шляху Фрімен чекає на битву з вартою мурашиних левів - Мірмідонтом. Після перемоги над ним Гордон отримує фероподи - залози, наповнені феромонами, завдяки яким він тепер може керувати левами мурашки і нацьковувати їх на ворогів. За допомогою мурашиних левів Гордон штурмує блокпости перед Новим Проспектом. Коли він проникає на територію бази старими трубами каналізації, охорона викликає два штурмовики, але Гордон успішно знищує їх і проникає в будівлю тюремного комплексу.
Проникнувши до старої частини в'язниці, Гордон прямує у бік вокзалу для зустрічі з Алікс. За допомогою мурашиних левів Фрімен долає опір охоронців в'язниці та зомбі, які проникли у занедбані приміщення. Також гравець має дві сутички з вартовими мурашиних левів. Тут уперше гравець чує, як доктор Брін звертається до солдатів із приводу невдачі захоплення Фрімена, називаючи їх виродженцями. У кімнаті стеження на одному з екранів можна побачити G-Man'а.
Гордон зустрічає Алікс, після чого вони знаходять Ілая. Алікс за допомогою зламаного нею комп'ютера відправляє капсулу з Ілаєм до телепортаційної зали, після чого вони з Гордоном починають розчищати собі шлях до телепорту. Гордон штурмує блокпости і відбиває послані проти нього спецзагони Альянсу, тоді як Алікс перепрограмує кулемети, налаштувавши їх проти солдатів, та відключає захисні поля. Після цього вони знаходять телепортаційну камеру та виявляють там Джудіт Моссман, яка виявляється зрадницею і вже давно працює на Альянс.Алікс наказує їй телепортувати Ілая до лабораторії доктора Кляйнера, але натомість Моссман вдається перемістити себе та Ілая на головну базу Альянсу - Цитадель. Поки телепорт знову заряджається, Гордон та Алікс відбивають атаки солдатів Альянсу, після чого телепортуються до лабораторії Кляйнера.
Вибух телепорту призводить до того, що Гордон з Алікс прибувають до лабораторії Кляйнера через тиждень після відправлення (хоча для Гордона та Алікс цей тиждень здається частками секунди між «ще там» і «вже тут»). За цей час опір підняв повстання, і Сіті 17 вкинуто в хаос. Алікс вирішує супроводити Кляйнера в безпечне місце, а на допомогу Гордону передає Пса, проте практично відразу робот вплутується в бій з технікою Альянсу. Потім Гордон зустрічає загін повстанців і разом із ними намагається пробитися до Цитаделі, щоб звільнити Ілая Венса. Загін Фрімена успішно пробиває собі дорогу з околиць міста. Незабаром до них приєднується Алікс: за її допомогою Фрімен знищує один із генераторів, які забезпечують енергією захисні системи Альянсу. Однак потім, вирушивши на розвідку, Алікс потрапляє в засідку, і її відвозять транспортером. Фрімен вирушає на пошуки Барні Калхауна.
Від командира загону повстанців Гордон дізнається, що Барні притиснутий снайперами на даху, після чого його звільняє. Гордон і Барні з повстанцями пробираються до опорної бази Альянсу, що має назву «Нексус Нагляду», щоб відключити генератори силового поля, що блокує прохід до Цитаделі. Площа перед базою контролюється пристроєм придушення. Прорвавшись усередину будівлі, Фрімен руйнує три генератори, підходи до яких перекриті пастками та автоматичними кулеметами. Крім того, на захист будівлі Альянс постійно спрямовує загони десанту. Після того, як пристрій придушеннявідключається, площа перед будівлею стає полем битви повстанців та військ Альянсу. Барні залишається в будівлі координувати інші загони, тоді як сам Фрімен має пробратися до складу з боєприпасами для РПГ, щоб знищити численних страйдерів - величезних роботів Альянсу. За допомогою Фрімена повстанці відбивають цю атаку, а Гордон чекає наступна битва біля підніжжя цитаделі, де на руїнах житлового кварталу повстанців атакує ще один загін страйдерів за підтримки численної піхоти. Після битви біля стіни Гордон знову зустрічає Барні та Пса. Собака пробиває в стіні пролом, через яку Фрімен поодинці проникає в Цитадель.
Опинившись у Цитаделі, Гордон незабаром потрапляє в глухий кут, і йому доводиться подорожувати далі в транспортувальній капсулі, що кудись рухається в лабіринтах бази. Система безпеки помічає Гордона і поміщає його в конфіскаційне поле, що знищує всю зброю, окрім гравітаційної гармати. При спробі знищення цього пристрою система дає збій і навпаки посилює її властивості, додаючи нове - здатність маніпулювати органічною матерією. Озброєний лише нею, Гордон розчищає свій шлях на верхні рівні Цитаделі, поки знову не потрапляє в глухий кут і не стикається вдруге з необхідністю подорожувати в контейнері.
Капсула з Гордоном піднімається верхні поверхи Цитадели, потім зупиняється й у приміщенні включаються силові поля, конфіскуючі зброю; під впливом полів гравітаційна гармата повільно пропливає повітря і її забирає одне із солдатів охорони. Джудіт Моссман зустрічає колишнього вченого і супроводжує контейнер з ним до кабінету голови Бріна, де Гордон нарешті стикається з ним віч-на-віч. Брін намагається переконати Ілая, ув'язненого в металевийконтейнер, перейти на бік Альянсу, але коли лідер опору відмовляється, Брін викликає Алікс, також укладену в металеву капсулу. Коли Брін розуміє, що навіть під страхом заподіяння шкоди Алікс йому не вдасться переконати Ілая, він каже, що той більше не потрібен, і починає загрожувати Гордону. Але коли він вирішує відправити Ілая та Алікс через телепорт у світи, де, на його думку, неможливо вижити, Джудіт, яка плекала надію врятувати Ілая, встає на бік Гордона і звільняє його з контейнера. Брін вистачає гравію і випускає енергетичний розряд у бік супротивників, після чого йому вдається втекти до телепорту, який зможе перенести його в інше місце. Моссман та Ілай залишаються в кабінеті Бріна, збираючись залишити Цитадель у його персональній транспортній капсулі, а Гордон з Алікс кидаються в погоню. Дівчина намагається вимкнути телепортатор за допомогою комп'ютера, але їй це не вдається, оскільки Брін передав управління на той бік, і Гордону доводиться вирушати за Уоллесом. На своє нещастя, Брін залишає гравію в залі управління реактором, за допомогою якої Гордон проривається до телепорту і знищує його. Витяг з Брином падає з великої висоти. У цей момент відбувається масштабний вибух, але тут час завмирає і перед Гордоном з'являється G-Man, який повідомляє, що отримав кілька цікавих пропозицій щодо Фрімена. Потім G-Man прощається і йде у світлий отвір, повідомивши йому, що покличе Гордона, коли час останнього прийде знову.