Лікувальна робота
Лікувальна робота проводиться на базі власної клініки на 725 ліжок та клінічної стоматологічної поліклініки.
55 клінічних кафедр, включаючи кафедри інституту післядипломної освіти, розташовані на базі 69 лікувально-профілактичних медичних організацій Республіки Башкортостан, з якими укладено договори щодо практичної підготовки. Головними позаштатними спеціалістами МОЗ працюють 25 професорів університету, експертами Фонду обов'язкового медичного страхування є 53 викладачі університету. До виборних посад Президентів асоціації лікарів Республіки Башкортостан та правлінь асоціацій лікарів України залучено 42 професори та доценти БДМУ.
На базі власної клініки, яка оснащена сучасним медичним обладнанням та клінічних баз БДМУ функціонують 50 Республіканських центрів спеціалізованої медичної допомоги, якими керують фахівці університету. Співробітниками кафедр щорічно проводиться великий обсяг лікувально-діагностичних заходів, консультацій, складних операцій та експертної роботи. Виконуються екстрені та планові виїзди до міст і районів Республіки, впроваджуються власні наукові розробки та високотехнологічні методи лікування, включаючи трансплантацію органів.
Лікувальною роботою клінічних кафедр керує проректор з лікувальної роботи. Для координації лікувальної роботи клінік університету та клінічних баз, забезпечення контролю за цією роботою було організовано лікувальний відділ університету на функціональній основі, яким керує начальник відділу, який за посадою є помічником проректора з лікувальної роботи.