Рішення про відставку Якуніна було ухвалено після того, як його син надіслав заявку на отримання
Відхід Володимира Якуніна з посади голови РЗ стався після того, як у вищому керівництві країни дізналися про запит сина екс-керівника корпорації про британське підданство. Про це повідомляє телеканал «Дощ» із посиланням на джерела, близькі до Якуніна.
У Кремлі викликало різке невдоволення прохання про отримання британського підданства, яке направив до Лондона син Якуніна – Андрій. Це «Дождю» підтвердили одразу два джерела, знайомі із ситуацією. На хвилі конфронтації із Заходом цей крок сина одного з наближених Володимира Путіна було пораховано за зраду. Крім того, президенту стало відомо і про схеми, за якими фірми, пов'язані з РЗ та Якуніним, отримували вигідні контракти. Довідки «особливої важливості», підготовлені ФСБ та Росфінмоніторингом, нібито лягли на стіл глави держави. Вони були наведені відомості про рух коштів РЖД, які підтверджували, що в компанії продовжували виводити гроші за офшорними схемами навіть після прямої вказівки Путіна про повернення їх до країни. Усе це робилося через фонд, зареєстрований Якуніна-молодшого. Той уже понад п'ять років живе у Великій Британії. За словами співрозмовників «Дощу», Якунін болісно сприйняв відставку, позицію сенатора від Калінінградської області вважав для себе принизливою.
Володимир Якунін очолював РЗ понад 10 років. Звільнення з поста було обставлено як відставка за власним бажанням. З його ім'ям пов'язане одне з найгучніших розслідувань «Фонду боротьби з корупцією» Олексія Навального – історія з «шубосховищем».