У МДУ запустили «Ноєв ковчег», Наука та життя
Масштабна електронна база даних призначена для роботи з різною біологічною інформацією – від раціону харчування одноклітинних організмів до секвенованих геномів.
Нещодавно ми писали про те, що у Московському державному інституті повним ходом тривають роботи зі створення цифрового гербарію. Однак цифровий гербарій – лише частина величезної інформаційної системи під назвою «Ноїв ковчег», в якій містяться дані про зразки з біологічних колекцій університету та його партнерів, які підключилися до проекту.
Для кожного зразка співробітники МДУ створюють докладні паспорти, що містять різнобічну інформацію про кожен із «колекційних» організмів. Важливо не тільки сама по собі присутність зразка, але і його докладний опис: що це за організм, ким, де і коли він був зібраний, чим примітний і для чого його можна використовувати в науці та практиці.
За словами керівника напряму «Мікроорганізми та гриби» Олексія Соловченка, інформаційна система має все, щоб стати справжньою базою знань про живі організми. У «Ноєвому ковчезі» (який створюють у рамках гранту українського наукового фонду «Наукові засади створення Національного банку-депозитарію живих систем») можна зберігати не лише опис самих організмів, а й усі методики роботи з ними: як їх культивувати, вивчати та зберігати довге час. Це особливо важливо для колекцій одноклітинних організмів, таких як бактерії та мікроводорості.
«Основний принцип роботи системи – адаптивна форма паспорта зразка, яка спочатку вміщує мінімум інформації, що описує кожен зразок незалежно від типу біоматеріалу та колекції: дані про те, де і яким чином отримано зразок, а також інформацію про живий організм, з якого взятоматеріал. Решта паспорта налаштовується так, щоб оптимально та повно відображати відомості, специфічні для різних живих істот та одиниць зберігання, від бактерій до тварин», – повідомляє науковий координатор проекту «Ноєв ковчег», провідний науковий співробітник біологічного факультету МДУ Петро Каменський.
Поки що вбудований в систему геномний браузер знаходиться в розробці, проте крім нього у системи в перспективі з'являться й інші біоінформатичні сервіси, за допомогою яких користувачі депозитарію зможуть отримати максимум користі інформації, що зберігається в ньому.
Число оцифрованих зразків постійно збільшується за рахунок завантаження нових колекцій і додавання інформації з наявних електронних баз. Ноїв ковчег розробляли з таким розрахунком, щоб зібрати в ньому відомості з колекцій не лише з Московського університету, а й з інших наукових організацій – таким чином, уперше створено прототип системи, здатної поєднати воєдино всі українські біоколекції.
«На даний момент до системи завантажено близько 510 тис. зразків, 500 тис. з яких – гербарні зразки, а близько 10 тис. – докладно охарактеризовані мікроорганізми. Для них, крім мікрофотографій, в систему завантажені докладні описи, аж до «меню» і «відбитків пальців» (фрагментів геному). До кінця 2018 року ми плануємо завантажити до інформаційної системи усі зразки, які є в колекціях МДУ», – продовжує Петро Каменський. – «Зараз у системі знаходиться 19 колекцій, процес інвентаризації, оцифрування та завантаження даних триває.
Фізично колекції Депозитарію МДУ розташовуються в тих лабораторіях, де з ними працюють. Якщо взяти біологічний факультет, то там знаходиться щонайменше сто колекцій. Раніше власники колекцій один про одногознали мало, і, відповідно, користуватись колекціями могли лише ті люди, які безпосередньо з ними працювали. З появою нашої інформаційної системи ситуація кардинально змінилася.
У тому, що «Ноєв ковчег» чекає на велике наукове майбутнє, сумніватися не доводиться – аналогів подібної інформаційної системи, що дозволяє оперувати відомостями про біологічні зразки найрізноманітнішої природи, а також керувати сховищами біоматеріалу у світі не існує.