Моє серце б’ється для «Баварії»
До 2007 року Томас регулярно виступав за «Баварію» різного віку, і клуб підписує з ним контракт. Мюллер виступає за «Баварію II», а через рік відбувся його дебют у головній команді за Луї ван Гал. У тому сезоні він виходить на заміну, але вже наступного року Мюллер починає відігравати важливу роль у команді і закріплюється у стартовому складі як атакуючий півзахисник і нападник. Цей рік став вдалим для нього: молодий футболіст став відкриттям чемпіонату разом із Тоні Кроосом, Штефаном Кісслінгом та Марко Маріном та був включений до списку гравців Збірної Німеччини, які взяли участь у Чемпіонаті світу у ПАР.
Томас потрапив у заявку під №13, під яким грав Міхаель Баллак, який пропустив чемпіонат через травму, а також відомий бомбардир та однофамілець Герд Мюллер, який дав йому кілька порад щодо гри. Мюллер став другим після Пеле у списку наймолодших гравців, які забили у матчах однієї світової першості 5 і більше м'ячів. Зробивши три передачі та п'ять голів, Томас стає найкращим молодим гравцем Чемпіонату світу та отримує «Золоту бутсу».
У сезоні 2011-2012 мюнхенська «Баварія» у Чемпіонаті країни, Кубку Німеччини та Лізі Чемпіонів посідає другі місця, але вже наступного сезону клуб оформлює дострокове чемпіонство у Бундеслізі, виграє Кубок Німеччини та Лігу Чемпіонів. Томас зробив великий внесок у ці перемоги, виходячи на матчі в основі, забивши голи за клуб. На питання про його стиль гри Мюллер відповідає: "Я не знаю що робити, коли отримую м'яч". Але він часто з'являється у потрібний час у потрібному місці несподівано для суперника, «видере» м'яч, робить геніальні передачі партнерам по команді та забиває голи. Його талант і працездатність, прагнення перемоги до останніх секунд роблятьйого цінним гравцем та невід'ємною частинкою «Баварії» та збірною. "З того моменту, як я можу думати, моє серце б'ється для "Баварії" і я всі сили віддаю за клуб", - говорив Томас в одному з інтерв'ю.
Талановитий, молодий, безжурний гравець, у якого ще багато попереду, і навіть найвірніші вболівальники «Баварії» та збірної Німеччини не знають, чим здивує наступного разу цей чудовий футболіст.