Сбітнєв Юрій - Установка системи MPI
Установка системи MPI на комп'ютерах кластера аналогічна до установки PVM, у тому сенсі, що установка зводиться до компіляції системи з вихідних джерел. У питанні вибору версії MPI ви можете почуватися вільними та керуватися власними уподобаннями. З моєї точки зору, найпростішими у використанні є пакети MPICH і OpenMPI, які на відміну від LAM/MPI не трубують запуску додаткових демонів і вимагають мінімального налаштування. Моя особиста рекомендація – OpenMPI. Цей пакет в даний час активно розвивається і має гарну інтеграцію із системами управління чергами та grid-системами. Крім того, пакет MPICH перестав розвиватися з 2005 року.
Що ж до LAM/MPI, цей пакет LAM/MPI є реалізацією протоколу, орієнтованого на архітектуру паралельного комп'ютера, засновану на мережі робочих станцій. Встановлення LAM/MPI вимагає трохи менше зусиль, ніж MPICH. Що стосується програм, написаних з використанням стандарту передачі повідомлень MPI, то вони без зміни вихідного коду однаково працюватимуть в середовищі обох пакетів. Далі ми обговоримо питання встановлення, адміністрування та використання обох пакетів.
Першим кроком встановлення MPI є отримання вихідних кодів пакета. Взяти вихідні дані можна або безпосередньо на сайтах розробників: http://www.mcs.anl.gov/mpi/mpich/, http://www.lam-mpi.org/, або в розділі Download цього сайту. Поточна версія MPICH: 1.2.7p1, LAM/MPI: 7.1.3, OpenMPI: 1.3.3.
Отримавши архів mpich.tar.gz, lam-7.1.3.tar.gz або openmpi-1.3.3.tar.bz2, ви повинні розпакувати його в якомусь каталозі вашої файлової системи та запустити скрипт конфігурації configure:
У параметрах скрипта configure ви визначаєте тип архітектуримашини (тільки для MPICH), на якій буде встановлений пакет MPI (в даному випадку LINUX) і шлях до каталогу, який пакет буде встановлений (/usr/local/mpich-1.2.6/ch_p4 або /usr). Слід зазначити, що на всіх вузлах кластера ви повинні встановити MPI в той самий каталог. Будучи запущеним, скрипт configure обстежить вашу операційну систему та підготує пакет MPI до компіляції з урахуванням її особливостей.
За умовчанням MPI використовує rsh як засіб міжвузлових комунікацій. Як уже раніше говорилося, з деяких причин краще замінити rsh більш комфортним в адмініструванні ssh, забезпечивши при цьому безпарольний доступ до вузлів кластера з консольної машини. Для цього під час запуску скрипта configure ми використовуємо параметр -rsh=/usr/bin/ssh для MPICH та --with-rsh="/usr/bin/ssh -x" для LAM/MPI. Якщо програма ssh знаходиться у вашій системі в іншому місці, то значення -rsh або --with-rsh має бути відповідним чином змінено.
Як можна помітити, параемтр --prefix, визначальний каталог, куди буде встановлений пакет, вказує LAM/MPI на системну область, а MPICH на окремий каталог. Зроблено це тому, що пакет MPICH з якоїсь причини не підтримує команду деінсталяції make uninstall. У випадку, коли вам з якоїсь причини треба буде видалити з системи пакет MPICH, зробити це буде набагато простіше, коли він знаходиться в одному своєму каталозі, замість того, щоб довго і нудно вичищати системну область.
Наступним кроком є власне компіляція та встановлення MPI. Ці дії виконуються послідовним запуском двох команд, однакових для обох пакетів:
make make install
Перша з команд компілює пакет MPI, друга – встановлює пакет у систему, переміщуючи отриманіна етапі компіляції бінарні та інші необхідні файли до області файлової системи, визначеної параметром --prefix команди configure.
На цьому власне встановлення системи MPI закінчується.